一万年前,猛犸象曾广泛分布于北半球大片区域,但狩猎与气候变化最终导致其灭绝。如今,一家名为 Colossal Biosciences 的基因编辑公司正致力于“复活”猛犸象及其他物种。

这一宏大目标为该公司赢得了大量媒体关注与资金支持。美国中央情报局(CIA)近期也宣布通过其风险投资部门 In-Q-Tel 对 Colossal 进行投资。In-Q-Tel 在发布博客文章解释投资决策时指出,此举“与其说关乎猛犸象,不如说关乎能力”。

Colossal 领导层表示,正是这些面向未来的能力,将最终帮助公司分拆出多家子公司,首家子公司已于 9 月对外公布。

这家名为 Form Bio 的新公司,是一个计算生命科学平台,最初为 Colossal 自身研发工作而开发。

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Claire Aldridge,Form Bio 首席战略官
图片经 Claire Aldridge 许可使用
 

Colossal 的技术在除灭绝之外的领域拥有广泛潜力——从重新设计作物和动物以增强其耐旱性,到编程材料赋予其增强性能。

“我相信我们正站在合成生物学的门槛上……以及它能为世界带来的可能性。”Colossal 首席执行官兼联合创始人 Ben Lamm 表示。

同样,Form Bio 的目标是通过快速、简便地将海量数据综合为有意义的结果,在生命科学领域实现深远目标。

Form Bio 在 Jazz Venture Partners 领投的 3000 万美元 A 轮融资中启动,多位 Colossal 高管进入领导团队,并承诺延续 Colossal 的使命,通过其技术加速突破。该公司旨在解决“生物制造中的一些重大问题”,Form Bio 首席战略官 Claire Aldridge 说。

该技术源于 Colossal 试图解决上述“重大问题”时的探索,Form Bio 联合首席执行官、前 Colossal 首席运营官 Kent Wakeford 解释道。

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Kent Wakeford,Form Bio 联合首席执行官
图片经 Kent Wakeford 许可使用
 

Colossal 与哈佛医学院遗传学教授 George Church 共同创立,其目标是应用“合成生物学的进步来应对生物多样性丧失、物种保护和恢复”,Wakeford 说。然而,当 Colossal 与哈佛合作开展这项工作时,研究人员发现他们使用了不同的数据分析系统,缺乏简便的数据和实验共享方式。

“哈佛当时使用了 55 种不同的技术数据点。我们想看看能否将这一切整合到一个平台上,为所有科学家创造一个单一信息来源,并让他们能够进行计算实验。”Wakeford 说。

这一实际应用场景让团队意识到,新创建的平台可以应用于哈佛和 Colossal 工作之外的领域。

“随着我们开始构建这个平台,我们看到它不仅能帮助哈佛进行所有先进的 CRISPR、基因编辑和基因组组装工作,还能应用于整个合成生物学领域,无论是生物制造药物、生物材料、生物燃料、可回收塑料还是食品替代品。所有这些都可以使用类似平台来开展工作。”Wakeford 说。

Aldridge 将这一平台描述为“科学的操作系统”。

“它将所有不同的工具和工作流整合到一个易于使用、直观的用户界面中,帮助您从数据中获取发现,从而推动进展。”她说。

简化数据以应对复杂挑战

Wakeford 表示,Colossal 目前不仅与哈佛合作,还与墨尔本大学和康涅狄格大学合作使用 Form Bio 平台。

“这个协作网络正在不断扩展,”他说,“我们的软件平台支持所有权限设置、数据共享以及多团队科学协作所需的各种参数。”

该技术解决实际问题的案例之一是 Colossal 将 CRISPR 编辑导入胚胎,以将耐寒猛犸象基因添加到大象基因组中的工作,Aldridge 说。这一过程需要多个步骤,例如确定用于 CRISPR 编辑的引导 RNA、选择最佳 CRISPR 编辑平台,然后设计引物以验证编辑效果。

“我相信我们正站在合成生物学的门槛上……以及它能为世界带来的可能性。”

—— Ben Lamm,Colossal Biosciences 首席执行官兼联合创始人

“在 Colossal 内部构建、现已成为 Form 一部分的能力是,在一个工作流中完成所有这些步骤。”她说。研究人员只需输入其感兴趣的基因,平台便会通过用户友好的界面告知如何执行该实验所需的每个步骤。

研究人员最初将其用于 Colossal 的基因去灭绝工作,以构建 Lamm 所称的“代理物种”,将灭绝物种重新引入野外。该公司表示,通过填补“物种缺失留下的生态空白”,这一努力可能有助于应对气候变化。

Form Bio 平台“非常适合去灭绝,但也可以适用于任何领域,”Aldridge 说,“它可以用于识别基于 CRISPR 的药物,真正进入并编辑某人的基因组;也可以用于将抗虫性状工程化到农作物中。”

Wakeford 表示,Form Bio 计划与生物技术公司合作,特别是从事细胞和基因治疗领域的公司。

“任何从事合成生物学工作的人都可以使用我们的平台,运行他们的流程,进行分析,共享数据并进行协作,但除此之外,我们还提供非常具体的解决方案。”Wakeford 说。

其首个主要解决方案是面向制造的候选验证方案。

“我们的平台在各个方面提供帮助,从最初的科学研究,到验证,再到最关键的是,当您将这些从小鼠模型构建的构建体投入人类实际生产时,”Wakeford 说,“我们认为这是将这些下一代药物和治疗方案以对人类更安全且更具成本效益的方式推向市场的关键部分。”

例如,提高患者安全性的一种方式是减少基因编辑过程中产生的截短蛋白数量,因为它们有时会触发免疫反应,且并非自然存在。

“如果我们能降低截短蛋白产生的可能性,就能降低对该截短蛋白产生免疫反应的可能性。”她说。

Form Bio 的早期合作伙伴之一(尚未公开)已在其流程中实现了“解决截短问题的两位数改进”,Wakeford 说。

“我们的平台已经成熟,并被多所大学和生物技术公司使用,我们看到了将其提供给更广泛生态系统的机会。”Wakeford 说。

Wakeford 认为,由于数据的普及和低成本,生物技术领域目前正面临“宏观经济”机遇。他们的平台可以加速药物开发的关键阶段,缩短上市时间并降低成本。

“我们认为现在正是我们推出公司的绝佳时机。”他说。